По утверждению Баку, причиной задержания Хачатряна стали совершенные им преступления в 1991 году, когда он вместе с другими этническими армянами напал на деревню Мешалиш с целью «полного истребления азербайджанцев», в результате чего погибли 25 азербайджанцев, а 358 стали беженцами.
Хачатряну вменяют две статьи УК Азербайджана — геноцид и насильственная депортация населения. В Баку также отметили, что задержанный был объявлен в международный розыск.
Армянская сторона в свою очередь называет эти сведения ложными и утверждает, что официально они не подтверждаются.
31 июля армянские студенты перекрыли главный вход в офис «Международного красного креста». Они требовали встречу с главой миссии и проведения пресс-конференции в Швейцарии для того, чтобы сообщить, что пациент организации был похищен.
